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对于现代制造业企业而言，MES系统的组织结构是必不可少的，它决定了这项工作能否落实到各个部门单位，并能够得到严格执行。

MES三层软件体系结构的系统结构通常包括三个层次，即数据层，应用层和展示层。

在数据层，主要包括数据库和数据存储设备，用于存储和管理与生产相关的数据，如生产计划、工艺参数、物料库存等。

在应用层，负责管理和执行各种生产过程中的业务逻辑，包括生产计划管理、物料需求计划、生产订单管理、质量管理等。该层还包括与企业资源计划（ERP）系统或其他相关系统的集成接口。

在展示层，通过用户界面（UI）向用户提供友好的操作界面，包括实时生产数据监控、报表生成、异常处理、生产数据分析等功能。用户可以通过该界面进行操作和获取相关信息。

这是一个基本的MES三层软件体系结构的系统结构框图，具体的实现可能会有所不同，根据实际需求和技术能力进行调整和扩展。

MES的三层软件体系架构还有待完善，需要进一步细化企业生产组织和管理的功能内容。以下列出了11个主要方面，基本包含了企业所有可能的重要生产经营能力要素。这些管理职能因素的优劣取舍，将取决于当前特定环境下企业环境的特点，以及我们对企业期望的管理产出效益。

1. 预测生产资源配置，跟踪资源状况：负责跟踪管理公司各种生产和活动物资，确保各种生产要素有序，随时可用在公司的日常经营中。同时记录重要历史信息，以保证企业各环节设备资源的合理配置和跟踪企业与生产中设备资源占用相关的实时状态信息。

2. 针对工序/生产生活细节进行调度：根据生产过程资源的优先级、属性和特点，对资源进行综合优化，使企业生产全过程资源配置成本的相对变化程度降到最低水平。

3. 制定生产活动计划，组织实施调度：制定月度生产计划，并下发到生产单位的月度工作单位。根据每月动态调整生产调度计划，生成新的生产调度动态信息。

4. 文档控制：将与生产工厂和具体生产工艺操作相关的数据文件进行数字化存储和管理，包括作业指导书、图纸、配方、设备操作方法和工艺等，并确保整个工厂的历史数据文件可以同时存储。

5. 现场数据采集/自动获取：实时采集现场安全生产技术系统分析数据，记录保存在系统中，并提供数据接口以获取生产实时数据。

6. 实施员工绩效管理：记录员工的考勤表现和专业技能，与企业资源配置平台无缝交互，以实现人力资源的优化配置。

7. 质量跟踪管理：提供实时跟踪监控和分析，确保严格、高效、全方位的产品质量控制，及早发现潜在的质量问题，并提出改进措施。

8. 生产过程的跟踪管理：对生产过程进行数据实时监控，预防和纠正操作和工作人员中的安全生产经营缺陷。

9. 日常维修运作管理：跟踪检查并指导清洁生产，改进维护设备技术和工具，快速响应日常突发问题，协助工程师完成维修故障的诊断。

10. 产品跟踪和记录：对企业内部生产的产品进行跟踪控制，监控产品的技术状态和使用情况。

11. 性能综合分析：对实际生产运行指标和企业文化历史信息进行跟踪分析，预测企业产生的综合效果，并与实际教学效果数据进行比较。

以上是MES系统的主要功能要素，通过这些功能的实施，可以提高企业的生产效率和管理水平。